福尔摩斯觉醒在游戏难度上推理逻辑简单，线索基本明确，个人觉得难点在于固定证据之后寻找线索的环节，这时需要玩家猜想新的线索可能在哪。还有就是在多场景的解谜中，逻辑推理出当前的破案方向。另外让玩家比较难受的一点是游戏中的地图是不会标注玩家所在位置的，这让玩家在进行区域探索时会遇到少许的困难。
游戏的区域探索主要有两类，一类是在地图上的不同区域上寻人，这类地图比较小，不同区域之间距离很近，就算无法将场景方向跟地图对应起来，也能通过试错很快找到目的地。第二类是迷宫，当福尔摩斯与华生在荒岛上找人时遇到的就是巨大的迷宫，两人划上小舟，伴随着四周随时能吞噬两人的黑暗和不可名状的生物，靠着零星的灯光摸索着前进，这像极了两人搀扶相伴，在黑暗的道路上寻求真相的危险和艰辛，令人非常感动。这一关总体是靠着谜语指示前进的，关卡设计非常精彩。
游戏中给的谜语指示其实并不明确，唯一明确知道的是露西告知的死亡使者是百合花，除此之外露西还给了一个反向提示。那么划船探索的第一步就是寻找百合花，这里其实是一个单向的伪迷宫设计，旨在让玩家感受到探索的乐趣，但其实游戏线路是单向的，没有分岔路。当找到百合花之后才出现分岔路，这时玩家需要探究路线的提示，究竟是走百合花的方向还是换方向呢？在正确的道路上会不断出现与谜语对应的形象，比如萤火虫是群星、黑夜中的火把就是黑色太阳等等。在第三阶段则是有鳄鱼拦截，起初认为要绕路，找到了假的上岸点，之后又回到鳄鱼这，需要上岸进行简单解谜。
就是用手枪把挂在树上的死人尸体射下引走鳄鱼，最后找到正确的上岸地点来到目的地。迷宫的设计核心依然是解谜，只不过把解谜的形式变成了寻路过程，如果设计的不好就会变成仙剑系列中长而无聊的跑图环节。这段迷宫设计是分阶段进行的，总领在谜题的提示上，可是在不同阶段的游戏时间、谜题设计以及反馈是完全不同的。游戏中不同的环境装饰物对应了谜题指示的谜面，伴随着不同的环境声音还有人物对话，间接提示了玩家在迷宫的不同阶段。
